1996年4月9日晚，内蒙古自治区呼和浩特市毛纺厂职工呼格吉勒图，匆忙跑到毛纺厂附近的警亭报案，呼格吉勒图称在毛纺厂附近的女厕所里，发现了一名已经死亡的女性。

接警后，警方迅速赶往现场，经过核查，被害女子姓杨，当晚在呼和浩特市锡林南路千里香饭店用餐，于晚间19时45分左右前往毛纺厂附近的公厕。呼格吉勒图发现被害人的时间是在当晚的21时15分以后，据他说，当晚与同事闫峰值班，远远听到公厕附近有人呼救的声音，等到他们赶到时，发现呼救的女子下身赤裸，已遭人杀害，两人随即前往附近的警亭报案。

法医检查了受害人的情况，证实受害人在生前曾遭到强奸，死因是被扼颈，导致窒息。时任呼和浩特市公安局新城分局副局长冯志明认为凶手就是呼格吉勒图，是他强奸杀害了被害人，为了转移警方注意力，摆脱自己的作案嫌疑，所以报警谎称现场有其他人行凶。

当晚，呼格吉勒图和同事闫峰被带去公安局审讯，而后，呼格吉勒图承认杀人。

在没有充足证据的情况下，呼格吉勒图被呼和浩特市人民检察院指控犯流氓罪，故意杀人罪，呼和浩特市中级人民法院于1996年5月17日作出判决，认定呼格吉勒图犯流氓罪，判决有期徒刑5年，犯故意杀人罪，判处死刑，剥夺政治权利终身，两罪并罚，判处死刑，剥夺政治权利终身。

判决后，呼格吉勒图即时提出上诉，认为证据不足，且自身没有杀人动机，内蒙古自治区高级人民法院于1996年6月5日作出刑事裁定，决定驳回上诉，维持原判。

1996年6月10日，呼格吉勒图被执行死刑。

短短两个月的时间，在现场证据还不足以完全定性呼格吉勒图杀人强奸事实的情况下，草草结案，不禁令人唏嘘。

在所有人都以为事件已经告一段落时，呼格吉勒图一案发生了转折，2005年10月23日，呼和浩特市破获了一起连环杀人案，在连环杀手赵志红主动交代的犯罪案件中，就有一起是毛纺厂附近的女厕案。

这让所有人都大吃一惊，警方将赵志红带到案发现场（当时案发地已经经过改造，原来的公厕已经不在了），但是赵志红可以清楚的说出案发当晚的情况，并指出公厕以前所在的位置。

2005年10月30日，新华社记者了解到此案另有内情，先后撰写5篇文章，通过内参的方式，将此案上报了中央，中央下达指示，要严查此案，随即由内蒙政法委成立了呼格吉勒图案件专案复查组。

据调查，该案件发生时，警方曾提取受害人体内的精液，但并未与呼格吉勒图进行DNA比对，而后赵志红归案后，原本保留在公安局的精液样本也无故失踪。

而作为给呼格吉勒图定性为杀人凶手的铁证，其指甲盖内的血样与死者咽喉处血样完全吻合的证据，也很可能是伪造的。

另外，据共同被公安机关带回询问的同事闫峰回忆，呼格吉勒图当时与他在临近的两个屋，他听到旁边屋内传出的呼格吉勒图痛苦的叫喊声，和椅子拖动的声音，第二天便看见呼格吉勒图被拷在了暖气上。

所谓的呼格吉勒图对案件的认罪，很可能是办案人员刑讯逼供，诱供的结果。另外，办案时间如此简短，迅速，其中一定存在猫腻。

经过多次的走访调查，细节深入，最终确认，赵志红就是毛纺厂女厕案的真凶。

2014年11月19日，内蒙古自治区高级人民法院启动再审程序，在核对了所有的卷宗资料，听取各方意见后，正式宣判呼格吉勒图强奸，杀人一案，罪名不成立。

随后，相关部门对原涉及呼格吉勒图一案的机关及个人，合计27人，予以追责处理。涉及机关包括呼和浩特市公安局，呼和浩特市检察院，呼和浩特市中级人民法院，内蒙古自治区高级人民法院。

因本案呼和浩特市公安局新城分局副局长冯志明，涉嫌职务犯罪，另案处理，其他26人均以党内严重警告，行政记大过处分。

2014年12月25日，呼格吉勒图的父母向内蒙古高院提出国家赔偿申请，内蒙古高院随即立案，并于12月30日作出赔偿决定。

赔偿明细及金额如下：

1.赔偿呼格吉勒图父母支付的死亡赔偿金、丧葬费，共1047580元

2.赔偿呼格吉勒图生前被羁押60日的，限制人身自由补偿金12041.4元

3.支付呼格吉勒图父母精神损害抚慰金1000000元。

合计2059621.4元

2015年11月11日，呼格吉勒图的家人将在郊外坟地沉睡了19年的孩子骨灰，迁到了离呼和浩特市近30公里的陵园新墓地安葬。

呼格吉勒图的母亲表示，儿子呼格吉勒图的死，是她心里永远的痛，她一直都不相信自己的儿子会做出伤天害理的事情，也是出于对儿子的信任，这些年才不停的奔波申诉，只为给儿子讨一个公道，能在有生之年，看见儿子沉冤得雪，算是很欣慰了。